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生态清淤船不是环保清淤船，它的生态性一般是指其在挖泥船作业时，还具有对环境保护的作用。生态清淤船一般具有两种以上的功能，除了正常的清淤功能外，还可对水底垃圾进行清除。这就需要清淤船具有两套工作系统，即打捞系统与清淤系统。
  先来说一下打捞系统；这种系统主要用于打捞水底垃圾，它对所打捞的垃圾是有要求的，通常都是一些质地较轻的垃圾物，像大块砂石、建筑垃圾等它是无法打捞起来的。打捞系统都是安装在清淤船的前端的，通常也是依靠钢缆与绞车，来收放垃圾清理装置。
  清淤系统则安装在船尾，是依靠吸泥泵来进行清淤作业的，总的来说他更像一台抽吸式清淤船。由于安装在船首的打捞装置已经将水底杂物打捞干净，所以抽泥泵可以很容易的将水泥淤泥抽起。
  生态清淤船尤其适用于水底垃圾较多区域，通过打捞装置清理完水底垃圾后，可有效降低吸泥管堵塞的可能性，保障了清淤船的正常清淤作业。